Một đại giáo đoàn cần phải tự điều chỉnh cấu trúc tổ chức để có thể thích ứng với số lượng lớn tín hữu đến tham dự lễ thờ phượng cũng như những sinh hoạt khác của nhà thờ.

Tại một số đại giáo đoàn, lễ thờ phượng ngày càng được tổ chức qui củ hơn, và ngày càng canh tân hơn. Với quy mô của mình, một đại giáo đoàn đòi hỏi những nguồn lực mà một nhà thờ bình thường không thể. Họ tuyển dụng những nhạc công chuyên nghiệp để trình tấu âm nhạc hiện đại thay vì những bài thánh ca truyền thống. Nhiều tín hữu thích cảm giác trở nên một trong số hàng trăm hoặc hàng ngàn người cùng hiện diện trong lễ thờ phượng. Nhiều người khác thích "xem lễ" hơn là tích cực tham gia vào buổi lễ, và toàn thể buổi lễ thường có vũ đạo được chuẩn bị đến từng chi tiết nhỏ.

Lễ đường của các đại giáo đoàn được xây dựng theo những thiết kế có thể giúp mỗi người dự lễ đều có thể nghe và thấy mọi diễn tiến của buổi lễ. Không gian mở và thoáng giúp nới rộng tầm nhìn của người dự lễ, họ cũng được hỗ trợ bởi máy chiếu và các loại màn ảnh lớn; do trang bị dàn âm thanh kỹ thuật cao với công suất lớn, người nghe ít khi gặp những trở ngại về âm thanh. Nhiều nơi còn sử dụng loại ghế đơn như ở các nhà hát thay vì loại ghế dài thường thấy tại các nhà thờ theo truyền thống.

Vì cần có không gian để xây dựng những bãi đậu xe rộng lớn, các đại giáo đoàn có khuynh hướng chọn địa điểm ở những vùng ven các thành phố lớn trên những dải đất rộng một mẫu Anh (4.000 m²) hoặc hơn. Xu hướng gần đây là các đại giáo đường thường xây dựng một hoặc vài điểm thờ phượng được "truyền hình" từ nhà thờ chính; như vậy bài giảng của quản nhiệm trưởng chỉ được gởi đến tín hữu qua phương tiện video.

Mục vụ của những nhà thờ này cũng được điều chỉnh để thích ứng với quy mô của chúng. Phận sự giảng dạy được giao cho các ban ngành và được thực hiện trong các buổi nhóm nhỏ bên ngoài chương trình thờ phượng hằng tuần. Lễ thờ phượng này được chuẩn bị đặc biệt cho toàn thể giáo đoàn có đông người tham dự với nhiệt tâm. Về mặt quản trị, các đại giáo đoàn thường chỉ tổ chức một hội đồng thường niên để thông qua ngân quỹ và chuẩn thuận "ban quản trị"; trong một số trường hợp, quản nhiệm trưởng được giao thẩm quyền tuyệt đối trong mọi quyết định.

Nhiều đại giáo đoàn được hình thành từ nỗ lực đơn độc của một quản nhiệm có "ân tứ", thường là một nhà thuyết giáo có khả năng kết hợp tài hùng biện với kỹ năng tổ chức, thu hút ngày càng nhiều tín hữu đến tham dự các lễ thờ phượng hằng tuần của mình. Một số nhà thờ áp dụng phương pháp Hệ thống tế bào (một mạng lưới gồm những nhóm tín hữu họp mặt tại nhà riêng của trưởng nhóm để thờ phượng và học Kinh Thánh) của David Yonggi Cho. Trong một vài trường hợp có ẩn tàng nhân tố sùng bái cá nhân, điều này thường dẫn đến sự phân hóa nội bộ và những trở ngại về tổ chức khi người sáng lập về hưu, qua đời hay bị mang tai tiếng. Một số giáo đoàn đã chứng tỏ khả năng vượt qua những khó khăn này (Nhà thờ Lakewood vẫn tiếp tục tồn tại sau cái chết của người sáng lập); nhưng cũng có những thất bại (khi Robert Tilton rời bỏ chức vụ vì những tai tiếng về tài chính, nhà thờ của ông - Word of Faith Family Church ở Dallas, tiểu bang Texas – sau đó phải đóng cửa).